La organización interna del colegio engloba una serie de reglamentos y cargos a imagen de las definidas por el Cardenal Mendoza en los estatutos originales del Colegio.
El Colegio Mayor define su organización interna en los estatutos colegiales aprobados por la Universidad de Valladolid y regula la vida colegial mediante las normas de régimen interno aprobadas por todos los colegiales.
En los estatutos figura como órganos de gobierno de la institución el Director (profesor de la Universidad de Valladolid y máxima autoridad colegial). Ayudándole en su labor se constituye en cada rama la figura del Coordinador (cargo que recaerá en colegiales veteranos, destacados por su trayectoria en la institución y encargados de supervisar el cumplimiento de las normas y el correcto funcionamiento de las actividades) y el Decano y Consejo Colegial de cada rama (elegidos por los colegiales de la misma y encargados de vertebrar las comisiones, asesorar a la dirección y proponer actividades y revisiones de la reglamentación).
Las distintas actividades se realizan a través de las comisiones propias de cada rama (Vídeo, Música, Fotografía, Informática, Biblioteca, Deportes, Cocina, Cultura y Juegos), o los grupos que gestionan las actividades comunes (Teatro y Revista), todas ellas conformadas por los colegiales.
Colegio Mayor Universitario Santa Cruz
Universidad de Valladolid
Junio 2007